FIFA 16 introduz o futebol feminino pela primeira vez na série, permitindo que os jogadores escolham entre 12 seleções nacionais femininas. O jogo também apresenta melhorias na defesa, controle de bola e inteligência artificial dos jogadores. Os jogadores podem competir em ligas, torneios e partidas online, além de gerenciar seus próprios times no modo Carreira.